A organização social dos Enawenê-Nawê é estruturada por um sistema de clãs patrilineares e exogâmicos. A filiação clânica é transmitida pelo pai, e o casamento deve ocorrer entre membros de clãs diferentes. Apesar da patrilinearidade na transmissão dos nomes e da identidade clânica, a residência após o casamento é uxorilocal, ou seja, o homem se muda para a maloca da família de sua esposa. Essa combinação de patrilinearidade e uxorilocalidade gera uma dinâmica social complexa que entrelaça os diferentes clãs.
Os clãs Enawenê-Nawê não são compostos apenas por seres humanos vivos: cada clã inclui também os espíritos de seus ancestrais e de seres do mundo espiritual. Os nomes são transmitidos patrilinearmente, carregando consigo uma identidade que vincula cada indivíduo a uma linhagem ancestral e a um conjunto de prerrogativas rituais. A vida de cada pessoa é marcada por categorias etárias que vão de Tiraware (infância) a Ihitaloti (velhice), cada qual com papéis e responsabilidades específicos.
O sistema de clãs é a base sobre a qual se organiza a rotação ritual Harikare-Yaokwa, na qual os clãs alternam a cada dois anos o papel de anfitriões e pescadores no grande ciclo cerimonial. Essa alternância garante a reciprocidade entre os grupos e espelha, no plano social, a lógica de troca entre humanos e espíritos que fundamenta toda a cosmologia Enawenê-Nawê.